Nach den für das Haus gewählten Leitbegriffen Geschichte – Gedenken – Gegenwart ist auch die Dauerpräsentation gestaltet. Rund um die Frauenempore im ersten Stock zeigt sie die Errichtung, Verwüstung und zweimalige Renovierung des Synagogengebäudes sowie das Gemeindeleben und das Schicksal jüdischer Menschen, die hier gewirkt haben. Objekte, Fotos und Dokumente geben einen thematischen Überblick, die interaktiven Medienstationen bieten detaillierte Information.

Gezeigt werden nur Objekte, die tatsächlich aus dem Besitz der Kultusgemeinde St. Pölten stammen. Allerdings haben nur wenige Gegenstände die Raubzüge der Nationalsozialisten überstanden, wie etwa eine Spendenbüchse mit hebräischen Initialen. Synagogenbau, religiöse Zeremonien, das Engagement der Frauen, das Vereinsleben der Jugendlichen sowie Antisemitismus und schließlich Vernichtung werden durch Medienstationen vermittelt. Interviews mit Überlebenden und kurz vor der Deportation verfasste Briefe bringen die Schicksale nahe. 

Die Installation „Wunden und Leerstellen“ lässt die baulichen und sakralen Elemente des Raums sprechen und macht die Zerstörungen durch den Überfall am 10. November 1938, aber auch durch die teilweise unsensible Renovierung 1980–1984 nachvollziehbar. Die Installation „Jahrzeit“ würdigt im monatlichen Wechsel zum jeweiligen Todes- oder Deportationstag eines der 321 Shoah-Opfer aus St. Pölten und dem Umland. Kleine Objekte und ein Video vermitteln die intensive Beziehung, die zahlreiche Nachkommen von vertriebenen jüdischen Familien zur Ehemaligen Synagoge aufgebaut haben. 

Kuratiert von Martha Keil, nach den Forschungsergebnissen des Instituts für jüdische Geschichte Österreichs (Injoest)
Gestaltung: Johann Moser, BWM Designers & Architects
Vitrinenbau: Holzmanufaktur Auer
Grafikdesign: Gerhard Bauer
Modell: Dominikus Guggenberger
Mediendesign: Hermann Amon
Projektleitung: Heidrun Wenzel